По правилам "хорошего тона", лучше в php-скриптах посылать заголовки задающие кодировку, или один раз прописать необходимую кодировку в файле htaccess???
Лучше в .htaccess, так как при смене кодировки вам придется перелопатить все файлы. Да, можно вынести установку кодировки в отдельный файл, но лучше отдать этот вопрос на откуп Web-серверу или вообще не задавать кодировку явно - пусть кодировка определяется из META-тэга.