Для этого следует защитить директорию при помощи файло .htaccess и .htpasswd http://www.softtime.ru/info/articlephp.php?id_article=27. Скрипты так и так будут иметь доступ - так как они будут обращаться не через сервер Apache, а непосредственно через файловую систему.
Как для определённой директории запретить просмотр и скачивание (и вообще всячский доступ) к файлам (в основном *.inc), но оставить полный доступ к этим файлам с сервера ? Т.е. что бы скрипты на сервере могли полностью оперировать с инклуд-файлами, но скачать или просмотреть эти файлы в браузере нельзя было ?!