Мне попадаются такие синхронизаторы каталогов, которые перед выключением компьютера проверяют все файлы на одинаковость, а потом копируют отличающиеся.
Кажется должны существовать более продвинутые синхронизаторы, которые перехватывают изменение файлов и сразу знают что надо синхронизировать не сканируя огромных папок.