Обычно рекомендуют не запускать Apachy из-под root.
Но в этом случае остаётся неясным как PHP скриптам удаётся произвольно менять права доступа к файлам? Или есть ограничения?
Тогда какие группы имеет смысл образовать?
Вообще, как на ваш взгляд, должна выглядеть разумная схема распределения прав на хостинге?