Форум PHP

Замедляет ли работу обращение к глобальным переменным?
Какую альтернативу им найти если они используются как некие настройки?

Да нет, какого то существенного замедления не обнаруживается... скорее влияет то, что PHP для работы скрипта и создания среды тратит множество усилий (не зависимо от того, будете вы пользоваться элементами этой среды или нет). Вот это приводит к тому, что PHP сам по себе не самый быстрый язык. Но тут уже в качестве альтернативы можно предложить только использование какого-то другого инструмента.