Вообще-то ошибки для того и выводятся пользователю, чтобы он обратил на них внимание, то есть автоматически они не закрываются, иначе совсем не обязательно, что пользователь может прочесть их. Такие сообщения пользователь сам закрывать должен.
А о показать/скрыть/таймер... это задачи JavaScript, php это не по карману.